吉克託付給艾連的計畫，內容是讓所有艾爾迪亞人全都安樂死。掌握計畫關鍵的是擁有始祖的巨人力量的艾連，與繼承王家血統的巨人吉克的接觸。吉克突破里維等調查軍團設下的包圍網，成了自由之身，但是瑪雷軍隊卻出現了。艾連跟吉克能夠順利接觸嗎……。

简介：107年前（743年），世界上突然出现了人类的天敌“巨人”。面临着生存危机而残存下来的人类逃到了一个地方，盖起了三重巨大的城墙。人们在这隔绝的环境里享受了一百多年的和平，直到艾伦·耶格尔十岁那年，60米高的“超大型巨人”突然出现，以压倒性的力量破坏城门，其后瞬间消失，凶残的巨人们成群的冲进墙内捕食人类。艾伦亲眼看着人们以及自己的母亲被巨人吞食，怀着对巨人无法形容的憎恨和痛恨，誓言杀死所有巨人。城墙崩坏的两年后，艾伦加入104期训练兵团学习和巨人战斗的技术。在训练兵团的三年，艾伦在同期训练兵里有着其他人无法比拟的强悍精神力。即使亲眼见过地狱也依然勇敢地向巨人挑战的艾伦，如愿以偿加入了向往已久的调查兵团。在他正做着到墙壁的外面去这个梦的时候，毁坏墙壁的超大型巨人出现了。

偵訊中央憲兵之後，終於明白雷斯家才是真正的王室。調查軍團試圖推翻王政，擁護克里斯塔（希絲特莉亞‧雷斯）即位成為女王，但是克里斯塔跟艾連卻被中央憲兵的「對人壓制部隊」劫持了！

調查軍團眼見國王的作為已經失控，於是決定推翻王政。奉了國王命令的中央憲兵跟利布斯商會聯手，委託他們將艾連與克里斯塔抓了起來，接著又殺了會長還將這件事情嫁禍給調查軍團。不但派出刺客集團去對付調查軍團，另一方面又命令團長‧艾爾文回到王都報到。

儘管調查軍團遭到中央憲兵的嫁禍，卻還是在整個軍團的協助下成功推翻王政。如今只剩讓希絲特莉亞以真正王家的身分即位為女王。里維一行人雖然已經掌握遭到綁架的希絲特莉亞與艾連的所在地……

真正國王‧雷斯家世代相傳的巨人力量，透過古利夏交給了艾連。雖然父親羅德‧雷斯命令希絲特莉亞殺了艾連，但是她最後選擇了自己該走的道路。於是因為憤怒而變成體型最龐大巨人的羅德‧雷斯，開始攻擊艾連……！

一個由巨人所掌控的世界。成為巨人食物的人類築起了巨大高聳的城牆，犧牲通往牆外的自由，換來防止對方的侵略。但是虛有其表的和平卻在足以跨越城牆的大巨人出現之下瓦解，一場絕望的戰爭就此開始。

艾連一行人迎來繼承王家血統的吉克，因此得到啟動「地鳴」的條件。但是軍團考慮到艾連可能會遭到吉克控制，猶豫是否該讓他們兩人見面，於是限制來自瑪雷的義勇兵之行動。部分士兵與民眾對此事逐漸感到不滿，艾連終於決定獨自行動。

在艾連他們居住的帕拉迪島之外，還存在一個其他人類居住的世界。當中一個國家「瑪雷」與其他各國爆發戰爭。陷入苦戰之際，他們決定要攻進帕拉迪島，把「始祖的巨人」搶過來。在這裡又看到另一群孩子們拼命求生存的身影……。

１０４期戰鬥軍團好不容易擊退了突然出現在羅塞之牆附近的巨人，休息沒多久超大型巨人跟盔甲巨人卻又紛紛出現，更令重人驚訝的是他們的身分竟然都是原本調查軍團裡的士兵。儘管艾連變成巨人與盔甲巨人爆發戰鬥，卻依然不敵還被對方帶走。